De acordo com Actos apócrifos, atribuídos a Santo Ambrósio de Milão, Sebastião era um soldado que teria se alistado no exército romano por volta de 283 d.C. com a única intenção de afirmar o coração dos cristãos, enfraquecido diante das torturas. Era querido dos imperadores Diocleciano e Maximiliano, que o queriam sempre próximo, ignorando tratar-se de um cristão e, por isso, o designaram capitão da sua guarda pessoal - a Guarda Pretoriana. Por volta de 286, a sua conduta branda para com os prisioneiros cristãos levou o imperador a julgá-lo sumariamente como traidor, tendo ordenado a sua execução por meio de flechas (que se tornaram símbolo constante na sua iconografia). Foi dado como morto e atirado no rio, porém, Sebastião não havia falecido. Encontrado e socorrido por Irene (Santa Irene), foi depois levado novamente diante de Diocleciano, que ordenou então que lhe fosse espancado até a morte. Mesmo assim, ele não teria morrido.

Acabou sendo morto transpassado por uma lança.

Existem inconsistências no relato da vida de São Sebastião: Historicamente o edito que autorizava a perseguição sistemática dos cristãos pelo Império foi publicado apenas em 303 (depois da Era Comum), pelo que a data tradicional do martírio de São Sebastião parece um pouco precoce. O simbolismo na História, como no caso de Jonas, Noé e também de São Sebastião, é vista, pelas lideranças cristãs atuais, como alegoria, mito, fragmento de estórias, uma construção histórica que atravessou séculos.

O bárbaro método de execução de São Sebastião fez dele um tema recorrente na arte medieval - surgindo geralmente representado como um jovem amarrado a uma estaca e perfurado por várias setas (flechas); de resto, três setas, uma em pala e duas em aspa, atadas por um fio, constituem o seu símbolo heráldico.

Tal como São Jorge, Sebastião foi um dos soldados romanos mártires e santos, cujo culto nasceu no século IV e que atingiu o seu auge na Baixa Idade Média, designadamente nos séculos XIV e XV, tanto na Igreja Católica como na Igreja Ortodoxa. Embora os seus martírios possam provocar algum ceticismo junto dos estudiosos atuais, certos detalhes são consistentes com atitudes de mártires cristãos seus contemporâneos.